Он считается основателем московской школы лингвистики, где затем более двадцати пяти лет (1876-1902) работал на кафедре сравнительного языковедения. Как профессор, Фортунатов отдавал всего себя родному университету. Его курсы — «Введение в сравнительное языковедение», «Сравнительная фонетика» и «Сравнительная морфология индоевропейских языков», а также — по языкам древнеиндийскому, готскому, литовскому и древнецерковнославянскому, как произведения исключительного ума, до сих пор сохраняют все свое значение, а некоторые представляют исключительный научный интерес.
В 1902 г. Фортунатов был избран в Академию Наук и переселился в Петербург. Здесь значительную часть его времени поглощали обязанности редактора академических изданий по различным отраслям лингвистики общей и славянской.
Одновременно с Ф. Де Соссюром он установил закон передвижения ударения в балтийских и славянских языках от начала к концу слова. Этот закон получил название «закон Фортунатова — де Соссюра».
Фортунатов много занимался также теорией правописания. Он внес большой вклад в подготовку реформы русской орфографии, которая была осуществлена уже после его смерти (устранение из алфавита буквы «фита», «ижица», «ять», а также написание «ъ» (ера) в конце слов, упрощение правил правописания). Идеи Фортунатова продолжили развивать его ученики — М. Н. Петерсон, А. М. Пешковский, Д. Н. Ушаков и др. (первое поколение Московской лингвистической школы), и ученики его учеников — Р. И. Аванесов, А. А. Реформатский, П. С. Кузнецов, Г. О. Винокур и др.
Будучи блестящим лектором, Фортунатов очень мало публиковался; не оставил он и какого-либо обобщающего труда. Творческое наследие ученого состоит из нескольких десятков посвященных частным вопросам статей и рецензий, а также литографированных материалов для студентов. Два тома избранных работ Фортунатова были изданы лишь в 1956, а многие работы поныне остаются неопубликованными.
В читальном зале библиотеки ШГПУ на выставке «Сравнительное языковедение» представлена литература о жизни и деятельности Ф. Ф. Фортунатова из фонда библиотеки:
• Алпатов, В. М. Ф. Ф. Фортунатов и общее языкознание / В. М. Алпатов. — Текст : непосредственный // Вопросы филологии. — 2015. — № 1. — С. 9-13. — Библиогр.: с. 13.
• Бондаренко, М. А. Филипп Федорович Фортунатов – ученый, педагог, реформатор : (к 170-летию со дня рождения) / М. А. Бондаренко. — Текст : непосредственный // Русский язык в школе. — 2018. — № 1. — С. 30-35.
• Волошина, О. А. Стилистика научных работ Ф. Ф. Фортунатова, или Почему наши студенты не читают Фортунатова / О. А. Волошина. — Текст : непосредственный // Русский язык в школе. — 2018. — № 9 ; Русский язык в школе и дома : журн. в журн. — 2018. — № 9. — С. 2-5.
• Двинская, В. Фортунатов, туризм и… ЭВМ / В. Двинская. — Текст : непосредственный // Учительская газета. — 2021. — № 39. — С. 20-21.
• Красухин, К. Г. Ф. Ф. Фортунатов как компаративист / К. Г. Красухин. — Текст : непосредственный // Вопросы филологии. — 2015. — № 1. — С. 14-21. — Библиогр.: с. 20-21.
• Пищальникова, В. А. Понятие внешней формы языка в лингвистической теории Ф. Ф. Фортунатова / В. А. Пищальникова. — Текст : непосредственный // Русский язык в школе. — 2013. — № 4. — С. 75-80. — Библиогр.: с. 80.
• Ф. Ф. Фортунатов о языке в процессе мышления и в процессе речи. — Текст : непосредственный // Психолингвистика в очерках и извлечениях : хрестоматия : учеб. пособие для студентов вузов / под ред. В. К. Радзиховской. — Москва : Академия, 2003. — С. 167-181.
• Фортунатов, Ф. Ф. Избранные труды. В 2 т. Т. 1 / Ф. Ф. Фортунатов ; Акад. наук СССР. — Москва : Учпедгиз, 1956. — 450 с. — Текст : непосредственный.
• Фортунатов, Ф. Ф. Избранные труды. В 2 т. Т. 2 / Ф. Ф. Фортунатов ; Акад. наук СССР. — Москва : Учпедгиз, 1957. — 471 с. — Текст : непосредственный.
«Избранные сочинения» содержат четыре обширных университетских курса, из которых курс «Сравнительного языковедения» и курс «Сравнительной морфологии индоевропейских языков» в этой книге публикуются впервые. Курс «Лекций по фонетике старославянского языка» и «Краткий очерк сравнительной фонетики индоевропейских языков» перепечатываются с академических изданий 1919 и 1922 гг., давно уже разошедшихся.
Сочинения завершаются статьей «О преподавании грамматики русского языка в средней школе», тесно связанной с теоретическими взглядами автора. Таким образом, » Избранные сочинения» охватывают основные лингвистические труды Ф. Ф. Фортунатова общетеоретического характера.
Лингвист-ученый с мировым именем родился 2 января 1848 в Вологде в большой семье Федора Никитича и Юлии Алексеевны (Монаковой) Фортунатовых. Филипп был шестым из семи детей (мать умерла, когда Филиппу было 9 лет).
С Карелией академик Фортунатов познакомился еще в детстве. Большую часть школьных лет провел в Олонецкой губернской гимназии. На фасаде Музея изобразительных искусств есть мемориальная табличка, указывающая на этот факт. Много позже Филипп Федорович приезжал в Карелию как турист. Считается, что по дороге к водопаду Кивач лошади потребовалось переменить подкову, и экипаж остановился в Косалме. Красота этих мест поразила ученого, и он купил здесь дом, чтобы проводить в Карелии летние месяцы. В Косалме у него был свой дом — он вел хозяйство, изучал карельский язык, готовил здесь научные труды. Рассказывают, что он был демократичным — запросто общался с крестьянами, помогал им. Чета Фортунатовых даже взяла на воспитание двух девочек из окрестных деревень, вырастила их и дала образование.
Филиппа Фёдоровича связывала многолетняя дружба с карельским художником Вениамином Николаевичем Поповым. В фондах Музея изобразительных искусств Республики Карелия хранится портрет Ф. Ф. Фортунатова, написанный Вениамином Поповым в 1915 году.
О жизни Филиппа Федоровича Фортунатова и его жены Юлии Ивановны в Карелии известно не так много, рассказ о них можно прочитать в очерках «Этюды о карельской культуре» финского лингвиста Пертти Виртаранта.
Умер академик Фортунатов в 1914 году, жена пережила его на семь лет. Их могилы находятся практически в центре деревни Косалма (Прионежский район Республики Карелия).
До недавнего времени заброшенные захоронения Фортунатовых с покосившимися скромным памятником из малинового кварцита и кривым безымянным чугунным крестом были частью общего пейзажа Косалмы.
И только в 2022 году общими силами неравнодушных людей, волонтеров, чиновников, благотворителей память ученого-лингвиста увековечена достойно!
Катерина Лобастова, жительница г. Петрозаводска, волонтер рассказывает: «В Косалме на могиле Фортунатова сейчас красиво и чисто. Из старых деревьев остались береза да ёлка. Там теперь открытое пространство, но все же оно уютное, камерное. А когда подрастут высаженные дубки, рябинки, хвойные, цветущие кустарники, будет еще уютнее. Немного об истории создания памятника. Автор — заслуженный деятель искусств РК скульптор, дизайнер Александр Ким. Старый проект авторства Николая Овчинникова, победившего на конкурсе 90-го года, остался невоплощенным. Киму удалось сохранить эту идею — памятник в виде открытой книги. Но это не слепое копирование, а новое видение. Радует, что Александром Кимом использован рисунок ограждений — в виде инициалов ФФФ — автором которого также является Н. Овчинников. Мое предложение об установке информационного стенда было принято без разногласий, автор выполнил его также в виде книги».